Au cours du premier millénaire de notre ère, les minéraux continuent d'occuper une grande part de la symbolique spirituelle.

La littérature occidentale recense les propriétés thérapeutiques et religieuses des pierres (les deux étant encore fortement liées) : la pierre taillée (par Dieu ou par les hommes), se met à symboliser le passage de l'âme obscure à l'illumination de la connaissance divine. Dans un premier temps, le christianisme naissant se contente d'assimiler les superstitions populaires relatives aux minéraux, en gravant les pierres sacrées d'une croix symbolique, les marquant ainsi de son sceau. Puis l'église tente de modifier ces codes : Tout pouvoir attribué à une pierre ne pouvant relever que de Dieu. Elle conserve la symbolique ancestrale des pierres relative à leur couleurs et à leur caractère précieux : l'Apocalypse de Jean, qui décrit la nouvelle Jérusalem, est évoqué comme " une ville d'or pur semblable à du verre transparent, ceinte d'une muraille construite en jaspe, ornée de pierres précieuses".

D'après la tradition occidentale chrétienne, l'émeraude symbolise la connaissance ou le Graal : le vase du Saint Graal aurait été taillé dans une émeraude et le Graal lui-même serait une émeraude de 144 facettes qui, si l'on en croit la légende, aurait été l'oeil de Lucifer, tombé de son front lors de sa venue sur terre. Le christianisme accorde au saphir une origine céleste due à sa couleur bleue et en fait le symbole de pureté et de force lumineuse de Dieu. Par contre, des manuscrits du Moyen Age sur les gemmes relèguent le diamant au 17ème rang des pierres précieuses, bien après l'émeraude. Cependant, si les minéraux sont peu à peu lavés de toute allusion à la magie, ils semblent conserver leurs vertus curatives : jusqu'au 18è siècle, on fait des décoctions de pierres pour se soigner... Depuis quelques années, le regain d'intérêt pour les croyances païennes donne un second souffle à ce qu'on appelle désormais la lithothérapie...